मछली पालन व्यवसाय को अधिकतम लाभ देने के लिए उपयुक्त मछली प्रजातियों का चयन करना बहुत महत्वपूर्ण है। उन नस्लों का चयन करें, जिनकी आपके स्थानीय बाजार में भारी मांग और उच्च कीमत है। दुनिया भर में मछली पालन में इस्तेमाल की जाने वाली सबसे महत्वपूर्ण मछली की प्रजातियाँ कार्प, सालमन , तिलापिया और कैटफ़िश हैं। इन सभी मछली प्रजातियों में कई प्रकार की और कृषि-जलवायु परिस्थितियों में सभी प्रकार की खेती के लिए उपयुक्त है। अपनी स्थानीय सुविधाओं, मांग और कीमत के आधार पर खेती के लिए मछली की प्रजातियों का चयन करें।

प्रमुख प्रजातियां 

क्र. सं.	जाति	वातावरण
1.	ग्रास कार्प	मीठे पानी
2.	सिल्वर कार्प	मीठे पानी
3.	कामन कार्प	मीठे पानी
4.	नील  तिलापिया	मीठे पानी
5.	बीग  कार्प	मीठे पानी
6.	कतला (भारतीय कार्प)	मीठे पानी
7.	कृसियन कार्प	मीठे पानी
8.	अटलांटिक साल्मन	समुद्री
9.	रोहू	मीठे पानी
10.	मिल्कफिश	समुद्री
11.	इंद्रधनुषी मछली	मीठे पानी की दरार
12.	समुद्री वुचंग ब्रीम	मीठे पानी
13.	ब्लैक  कार्प	मीठे पानी
14.	उत्तरी साँप	मीठे पानी
15.	आमूर कार्प	मीठे पानी